Für eine Top-Rohqualität der Bohne sind Sorgfalt und Kompromisslosigkeit bei der Ernte entscheidend: das heißt, nur reife Kirschen werden geerntet und verarbeitet. Wird die Kaffeekirsche unreif geerntet, gibt sie ihre Unreife an die Bohnen in ihrem Inneren ab – und damit unausgereifte Säuren und wenig Kaffeegeschmack. Wird sie überreif geerntet, besteht die Gefahr der Fäulnis- und Schimmelbildung. Deshalb sind Zeitpunkt und Sorgfalt bei der Ernte von ausschlaggebender Bedeutung. Der Anspruch, ausschließlich reife Kirschen zu ernten, kann nur mittels selektiver Handpflückung (hand picking) gewährleistet werden – obendrein die schonendste Art für den Baum. Die Selektion findet dazu bereits am Baum statt – Kirsche für Kirsche wird auf Reifegrad geprüft und von Hand gepflückt. Da der Kaffeebaum mehrere Blühphasen hat, werden die Kirschen zu verschiedenen Zeiten reif. Das heißt, ein Kaffeebaum muss mehrere Male abgeerntet werden. Praktisch sieht das so aus, dass die Pflücker alle drei bis vier Wochen zu denselben Kaffeebäumen zurückkehren, um die gereiften Kirschen zu pflücken. Zu den einfacheren Erntemethoden zählt das sogenannte Abstreifen (stripping). Diese Methode ist bei Robustakaffees und Massenproduktionen von minderwertigeren Arabicas verbreitet. Die Kaffeekirschen werden dabei durch Abstreifen des Astes geerntet. Beim stripping werden die gesamten Kirschen eines Astes abgestreift – grüne, faule, vertrocknete, reife, inklusive Blätter, kleine Zweige und was sonst noch mit geht – ein Vorgang, der zu deutlicher Qualitätsminderung in der Tasse führt, wenn der auf diese Weise geerntete Kaffee nicht einer Selektion im Nachhinein unterzogen wird. Darüber hinaus gibt es noch die rein maschinelle Ernte, wo riesige Erntemaschinen zum Einsatz kommen (Hawaii, Australien, Brasilien).
